Với việc tham gia trực tiếp vào các sàn giao dịch TMĐT B2B, các DN có thể dễ dàng liên hệ đàm phán giao dịch với nhau mà không cần qua trung gian. Việc các DN liên hệ trực tiếp với nhau như vậy giúp giảm bớt chi phí giao dịch, chi phí đầu vào. Tuy nhiên, điều đó cũng sẽ đem lại một số hạn chế cho DN. Nếu như sử dụng trung gian marketing, qua những tiếp xúc, kinh nghiệm, sự chuyên môn hóa và quy mô hoạt động của họ sẽ đem lại cho nhà sản xuất nhiều điều lợi hơn so với việc nhà sản xuất tự phân phối.
Để khắc phục hạn chế đó thì các DN tiến hành phát triển hệ thống marketing đa kênh. Việc ứng dụng những hệ thống marketing đa kênh giúp DN vươn tới cùng một thị trường hay những thị trường khác nhau. Chẳng hạn, ở Mỹ công ty General Electric vừa phân phối sản phẩm cho các nhà buôn độc lập, vừa bán thẳng cho các nhà thầu xây dựng lớn. Ở Việt Nam, công ty nước giải khát IBC vừa phân phối cho các nhà buôn độc lập, vừa phân phối cho các điểm HOREKA [Hotel, Restaurant, Karaoke].
* Xung đột kênh
Nếu như trước đây, các công ty chỉ sử dụng một kênh phân phối để bán hàng tại một thị trường hay một phân đoạn thị trường thì ngày nay với sự đa dạng hóa khách hàng, ngày càng có nhiều công ty sử dụng hệ thống phân phối nhiều kênh hay còn gọi là hệ thống phân phối kép. Đây là hệ thống phân phối trong đó một công ty tạo ra cho mình hai hay nhiều kênh phân phối để với tới 1 hay nhiều phân đoạn thị trường khác nhau.
Ví dụ, hãng máy tính IBM sử dụng rất nhiều kênh phân phối khác nhau để phân phối sản phẩm của mình cho các đối tượng sử dụng khác nhau. Ngoài hệ thống cửa hàng trực tiếp của IBM, máy tính IBM cũng có mặt tại các cửa hàng bán lẻ khác; người tiêu dùng có thể mua máy tính IBM tại các hàng chuyên bán máy tính hoặc có thể mua từ những cửa hàng bán lẻ lớn như Wal-Mart, K-Mart…hoặc thậm chí họ có thể mua trực tiếp qua mạng trên website của công ty //www.ibm.com. Sử dụng hệ thống phân phối nhiều kênh có cái lợi là có thể tiếp cận được nhiều loại đối tượng khách hàng song hệ thống phân phối kiểu này thường rất phức tạp và khó kiểm soát đồng thời có thể gây ra xung đột giữa các kênh trong cùng một hệ thống vì đều cạnh tranh để bán hàng. Chẳng hạn, khi IBM bắt đầu bán hàng trực tiếp qua mạng và qua điện thoại, các cửa hàng bán lẻ máy tính cho rằng đó là cạnh tranh không bình đẳng và đe dọa sẽ không bán hàng hoặc giảm lượng hàng bán của IBM.
Cùng với sự phát triển của công nghệ thông tin, hình thức phân phối cũng có những thay đổi về chất. Ở Mỹ, người tiêu dùng có thể dễ dàng mua máy tính Dell từ mạng của Dell hoặc từ trang web của các công ty bán lẻ khác như Best Buy, Compusa hay Circuitcity; vé máy bay có thể mua trực tiếp từ website của các hãng hàng không American Airlines, United Airlines.. hoặc có thể mua từ website của công ty dịch vụ du lịch trên mạng như Travelocity.com hay Cheapticket.com…; sách báo, băng đĩa nhạc có thể mua trên Amazon.com, hoa có thể mua trên 1-800-Flowers.com…Ngay cả những thứ hàng hóa cồng kềnh như đồ gỗ cũng có thể đặt mua trên mạng. Thương mại điện tử đang nổi lên và thay thế dần những hình thức mua bán truyền thống, thay thế dần những cửa hàng bằng gạch và vữa. Ngày càng có nhiều lọai hàng hóa dịch vụ được phân phối qua hình thức này và ngày càng nhiều người tiêu dùng lựa chọn hình thức mua hàng qua internet. Thương mại điện tử đặt ra cả cơ hội và thách thức đối với nhà sản xuất và các đối tượng trung gian trong hệ thống phân phối [nhà bán buôn, bán lẻ]. Để có sức cạnh tranh, các nhà sản xuất tất nhiên phải tìm cho mình những cơ hội mới để tiếp cận khách hàng như Internet hoặc bán hàng qua điện thoại, qua catalogue… Tuy nhiên, phát triển những hình thức mới này lại đẩy họ phải cạnh tranh và nhiều khi đi đến mâu thuẫn với những kênh bán hàng truyền thống.
*Những bất lợi bắt nguồn từ tính chất mới lạ và tốc độ phát triển nhanh của các công nghệ cơ bản. Những bất lợi này sẽ biến mất khi TMĐT hoàn thiện và sẵn sàng hoạt động và được toàn bộ dân chúng chấp nhận. Nhiều sản phẩm và dịch vụ đòi hỏi những nhận xét của khách hàng tiềm năng được trang bị và sẵn sàng mua qua Internet. Ví dụ, nhà kinh doanh tạp phẩm trực tuyến Peapop chỉ thực hiện các dịch vụ giao hàng của mình trong một số thành phố. Do nhiều khách hàng tiềm năng của Peapop bắt đầu kết nối với Internet và bắt đầu thấy sự tiện lợi của việc mua bán trực tuyến, nó sẽ có thể mở rộng thêm nhiều khu vực.
*Các doanh nghiệp thường tính toán lợi nhuận thu được trên số lượng các vụ đầu tư trước khi sử dụng bất kỳ công nghệ mới nào. Điều đó rất khó thực hiện trong TMĐT bởi chi phí và lợi nhuận rất khó xác định. Chi phí, là một chức năng của công nghệ, có thể thay đổi nhanh chóng thậm chí chỉ trong thời gian ngắn thực hiện các dự án TMĐT do những công nghệ cơ bản đang thay đổi một cách nhanh chóng. Nhiều công ty đã gặp rất nhiều khó khăn trong việc tuyển dụng và giữ được các công nhân có các kỹ năng về công nghệ, thiết kế và quá trình kinh doanh cần thiết để làm TMĐT có hiệu quả. Một vấn đề khác mà các công ty muốn kinh doanh trên Internet phải đối mặt đó là khó khăn trong việc thống nhất cơ sở dữ liệu đang hiện hành và phần mềm xử lý giao dịch được thiết kế cho thương mại truyền thống thành phần mềm có thể dành riêng cho TMĐT.
*Cùng với các vấn đề về công nghệ và phần mềm, nhiều doanh nghiệp phải đối mặt với những trở ngại về văn hoá và luật pháp trong TMĐT.
Nhiều người tiêu dùng ở một mức độ nào đó vẫn e ngại việc gửi số thẻ tín dụng trên Internet, có một số người tiêu dùng khác đơn giản thường hơn có thể thích hợp được với sự thay đổi và cảm thấy không thoải mái trong việc xem các hàng hoá trên màn hình máy tính hơn là xem trực tiếp. Môi trường pháp lý mà TMĐT được quản lý là các bộ luật hoàn toàn không rõ ràng và mâu thuẫn với nhau. Luật kiểm soát TMĐT được viết ra khi các tài liệu được ký dự tính hợp lý trong bất kỳ giao dịch kinh doanh nào. Khi có nhiều các doanh nghiệp và cá nhân thấy được lợi ích của TMĐT là hấp dẫn, thì những bất lợi liên quan đến công nghệ và văn hoá này sẽ không còn tồn tại nữa.